En 52 avant JC, Alésia est l'oppidum d'un petit peuple gaulois (les Mandubiens, voisins des Eduens et des Lingons). C'est ici qu'en cette même année de 52, César assiège Vercingétorix et son armée. Il repousse la tentative de l'armée de secours de la coalition gauloise et reçoit alors la reddition du chef arverne. La localisation de ce site a longtemps été controversée. Toutefois, les fouilles récentes semblent confirmer l'hypothèse du Mont-Auxois à Alise-Sainte-Reine. Ces fouilles démontrent clairement que l'oppidum était un important centre sidérurgique, composé pour l'essentiel par des forgerons et des bronziers.

Diodore de Sicile nous fournit une étrange légende concernant la fondation de la ville par Héraclés.