La cité grecque de Phocée a fondé un certain nombre de colonies dans la moitié occidentale du bassin méditerranéen entre le VIIe et le VIe siècle av. J.-C. Les deux principaux postes au contact du domaine celtique sont Emporion (Ampurias) et Massalia (Marseille), la seconde colonie dominant rapidement la première. Différents comptoirs sont fondés par les massaliotes sur le littoral gaulois, Monoikos (Monaco), Nikaia (Nice), Antipolis (Antibes), Athénopolis (Saint-Tropez), Héracléa Caccabaria (Cavalaire), Pergantion (Bregançon), Olbia (Hyères), Tauroeis (Le Brusc), Citharista (La Ciotat - Ceyreste), Carcisis (Cassis), Rhodanousia (Espeyran ?), Agatha Tyché (Agde) et une éventuelle Héracléa située à l'embouchure du Rhône selon Pline.

La fondation même de Marseille semble tenir plus de la mythologie que de l'histoire. Au moment où le jeune phocéen, Protis ou Euxène, chef d'une expédition, abordait dans une calanque, il fut reçu par Nannos, roi des Ségobriges et épousa sa fille Gyptis. Le Grec reçut comme dot une calanque autour du Lacydon, port naturel situé à l'emplacement du Vieux Port actuel.

La date de l'arrivée des phocéens est incertaine. Les auteurs antiques la situe vers 600 av. J.-C., sous le règne du roi Tarquin, suite à la prise de Phocée par Harpage, lieutenant de Cyrus, mais cet événement a eu lieu en réalité en 540 av. J.-C. La légende veut que les phocéens fugitifs aient tout d'abord voulu s'établir en Corse, à Alalia (Aléria), mais en furent chassés par les Etrusques et les Carthaginois cinq ans plus tard. Les grecs quittèrent l'Ile, et vinrent s'installer à Marseille et Ampurias. Marseille aurait de ce fait, été fondée en 535 av. J.-C.

Il semble néanmoins que les phocéens n'aient pas été les premiers grecs à s'installer dans le sud de la Gaule. Une tradition antique, rapportée par Pline, y situe des Rhodiens. Rhodanousia et Rhodé auraient pu être leurs fondations, et le Rhône, Rhodanos tiendrait également d'eux son nom. En de nombreux points du littoral, des tessons de vases ioniens, antérieurs au VIe s. J.-C., plus particulièrement rhodiens ont été découverts, soit antérieurs à l'arrivée des phocéens, ce qui pourrait confirmer les dires de Pline.

Les fouilles réalisées dés 1943 par F. Benoit au niveau du Vieux Port de Marseille, ont permis de mettre à jour des tessons datables du début du VIIe s. av. J.-C. prouvant l'existence d'un commerce avec les grecs, si ça n'est une installation grecque en ces lieux, plus de cent ans avant la date officielle.

Il est néanmoins certain que l'influence grecque ne doit pas s'être fait sentir, directement du moins, avant le VIIe s. av. J.-C. En effet, l'alliance étrusco - carthaginoise bloquait les accès aux grecs à la méditerranée occidentale. Certains évoquent d'ailleurs une possible installation carthaginoise au niveau de Monaco, qui tiendrait son nom, Monoikos, d'une déformation du théonyme punique Melkart / Menoach. Dans le même ordre d'idée, l'origine du nom de Cavalaire, Caccabaria connaît une explication semblable. Et que dire du nom antique de l'Ile de Porquerolle, Phonoicé "la phénicienne" ? Mais, il faut bien avouer, dans un cas comme dans l'autre, qu'aucune découverte archéologique ne vient corroborer cet hypothèse.

L'installation de colonies grecques dans le sud de la Gaule paraît être un thème en marge de la civilisation celtique, or il n'en est rien. Il semble en effet que les grecs aient pu avoir une influence sur le phénomène des oppida via le commerce et la vallée du Rhône, axe naturel de communication depuis le littoral méditerranée vers la Gaule du nord. L'archéologie révèle, qu'il aurait pu y avoir une certaine influence urbanistique et architecturale grecque sur les sites indigènes voisins, Mastrabala ou Mastramela (Saint-Blaise, IIIe-IIe s. av. J.-C.), Glanikon - Glanum (Saint-Rémy-de-Provence), Cabellio (Cavaillon) et dans une certaine mesure Entremont, Nages, Lattes et Martigues. (S. Fichtl, 2000).

Les auteurs antiques, notamment Justin, reprenant Trogue-Pompée insistent sur cette éventuelle influence grecque sur les autochtones:

C'est au cours du Ve siècle av. J.-C. que La colonie de Massalia connut une grande prospérité, après une période qui fut certainement très trouble. En effet, en 490 av. J.-C. le comptoir massaliote de Héméroskopeion est assiégé par les carthaginois, puis en 480 av. J.-C., lors de la bataille d'Himère, les carthaginois s'attaquant aux grecs de Sardaigne, recrutent des mercenaires chez les Ibères, les Elysiques et les Ligures, c'est à dire sur les littoraux contrôlés par les massaliotes. Ceci indique que la zone d'influence de Carthage s'étendait jusqu'à l'arrière des territoires contrôlés par les massaliotes. Marseille s'en tira à bon compte, le siège de Héméroskopeion fut un échec pour Carthage, tout comme le siège d'Himère. Après ces défaites, pendant plusieurs décenies, les carthaginois se retranchèrent dans leur domaine et limitèrent les incursions extérieures. C'est grâce à cette période de tranquillité en Méditerranée occidentale que les massaliotes intensifièrent leur présence en Méditerranée. Côté est, les Étrusques, autres concurrents notables, furent battus par Syracuse à Cumes en 474 av. J.-C. par Syracuse. Les navires massaliotes purent dés lors sillonner librement la mer tyrrhénienne et fonder Antipolis, Héracléa Caccabaria et Olbia. Le domaine massaliote s'est alors étendu au moins jusqu'à l'actuelle Monaco.

Les IVe et IIIe siècles av. J.-C. semblent être une période plus difficile pour Massalia et ses comptoirs, marquée par une récession économique due éventuellement à la concurrence avec les Carthaginois, plus sûrement, des menaces venant de l'intérieur des terres. C'est à cette époque, en effet, que paraît s'être situé le siège de Massalia par Catumandus. Suite à cet événement, la monnaie est dévaluée, la frappe de monnaie s'arrête brusquement, puis lors de la reprise de cette activité, la drachme, qui à l'origine faisait 3,75 grammes, n'en fait plus que 2,50 à 2,60. Selon M.-J. Brunel et M.-H. Rolland, cela pourrait être la traduction du pillage de la ville par les gaulois. Théliné n'est plus seulement grecque, mais semble dés lors caractérisée par une population mixte, au sein de laquelle les celtes deviennent prépondérants. Théliné devient alors Arelate. Cela traduit indéniablement une déprise massaliote à l'intérieur des terres.

Leur opposition à Carthage et les rapports plutôt ambiguës avec les celto-ligures conduiront Massalia à s'allier à Rome. Ils fourniront d'ailleurs des trirèmes et autres quinquérèmes à leur allié pour combattre Carthage. La situation s'avère plus favorable durant la seconde moitié du IIIe s. av. J.-C., avec une reprise de l'expansion de la cité, Nikaia et Tauroéis sont fondées à cette époque, et une intensification du commerce avec l'arrière pays, arrière pays, qui parallèlement verra fleurir toute une série d'oppida dans un rayon de quelques kilomètres autour des comptoirs massaliotes. Artemidore parlera de Poléis Massalias, c'est à dire de cités gauloises, profondément hellénisées, fédérées à Marseille, mais néanmoins indépendantes. Il paraît certain, en effet, que les oppida profondément hellénisés, tel Glanum, Avennio, Cabellio, Arelate aient été caractérisés par des liens très étroits avec la cités phocéenne, liens tout aussi commerciaux que culturels. C'est dans le domaine de cette Poléis Massalias, que l'on voit naître l'épigraphie gallo-grecque, qui se traduira un peu plus tard en Gaule centrale par l'adoption de l'alphabet grec dans les légendes monétaires, ou plus simplement dans l'usage quotidien.

Le deuxième siècle avant notre ère est marqué par un second déclin de la cité phocéenne. A cette époque, les peuplades ligures de la côte harcèlent les comptoirs grecs. Les Phocéens, affaiblis par les guerres puniques, font appel aux Romains.

Entre 185 et 180 av. J.-C., le prêteur Laelius Baebius, qui se dirigeait vers l'Espagne à la tête de quelques légions, fut dérouté par ordre du Sénat romain, pour secourir le comptoir massaliote de Nikaia attaqué par les Ligures. Il prit Cemenelum (Cimiez) qui détruisit, puis entra dans Nice. Les Oxybii, les Deciates, les Ligauni, les Berites, les Nerusi, les Gallitae, les Triullati, les Eguitures, ne tardèrent pas à venger la prise de Cemenelum, ils rattrapèrent les légions de Laelius sur la rive droite du Var et les massacrèrent.

En 154 av. J.-C., Massalia fait à nouveau appel à Rome pour secourir Nikaia et Antipolis, menacées par les Oxybiens. Quintus Opimius écrase ces deux peuplades et livre leurs territoires au Massaliotes.

Ce soutien militaire romain sera également le bienvenu en 125 av. J.-C. lorsque la confédération Salyenne, dirigée par Teutomatos s'attaquera à Massalia. Alliée privilégiée des Romains, Marseille n'est pour autant peu privilégiée par l'annexion du sud de la Gaule, qui deviendra province romaine en 118 av. J.-C. Les marchands marseillais entrent en concurrence directe avec les commerçants romains en Espagne, en Corse, en Sardaigne et en Sicile. Néanmoins, ils restent les alliés des Romains jusqu'au Ier siècle avant notre ère.

Durant la guerre civile qui opposa César à Pompée en 49 av. J.-C. Massalia fit le choix fatal de soutenir Pompée plutôt que César. Ce dernier assiégea et prit la ville pour éviter que la flotte phocéenne ne tombe entre les mains de son ennemi. Conquise, la ville ne fut néanmoins pas pillée et resta un port important au début de la domination romaine. Restée hellénique, elle ne fut jamais réellement assimilée à la Gaule romaine et garda une sorte de statut indépendant, mêlée de cosmopolitisme où toutes les religions de l'Empire étaient représentées.